Судоводительский факультет состоит из 6 кафедр, на которых осуществляется обучение по трем специальностям (направлениям): судовождение, управление водным транспортом и гидрографическое обеспечение судоходства, эксплуатация перегрузочного оборудования портов и транспортных терминалов. Кроме того, на факультете организованы и действуют дополнительные коммерческие образовательные услуги.